第三临床学院下设5个职能部门，2个系、22个教研室、1个实验室。

5个职能部门：院务办公室、教学办公室、科研与研究生教育办公室、学生工作办公室、分团委。

临床医学系、儿科学系2个系所属教研室、实验室如下：