第三临床学院下设2个系、21个教研室、1个实验室和4个职能部门。

2个系：

临床医学系、儿科学系

21个教研室：

临床医学系（内科学、外科学、妇产科学、儿科学、诊断学、传染病学、皮肤性病学、神经与精神病学、耳鼻咽喉头颈外科学、眼科学、中医学、麻醉学、急诊医学、生殖医学、康复医学、临床药理学）。

儿科学系（小儿内科学、小儿外科学、小儿传染病学、儿童保健学、小儿临床技能学教研室）。

1个实验室：

外科学实验室

4个职能部门：

院务办公室、教学科研办公室、学生工作办公室、分团委。