第三临床学院开设有临床医学专业、儿科学专业2个五年制本科专业。2002年，临床医学三系成立，2004年正式成为第三临床学院，临床医学专业开办至今，共培养(五年制)本科生2700余名。2017年，第三临床学院成功申报儿科学专业，同年秋季开始招生至今。
1、临床医学专业，本科，学制五年，毕业授予医学学士学位。培养目标是：培养适应我国经济社会发展需要，具有崇高思想品德、社会责任感和职业道德、健康身心素质；宽厚的人文社会科学和自然科学知识及扎实的医学基础理论，较强的临床思维和诊治能力，一定的预防康养与健康促进知识，基本的科研素质和创新意识；良好的沟通能力和信息获取、管理、应用能力，能终身自主学习、持续自我完善、具有较大发展潜能和团队协作精神的适应医学进步环境的应用型医学人才。
本专业开设核心课程包括：系统解剖学、组织胚胎学、生理学、生物化学、病理学、病理生理学、药理学、诊断学、内科学、外科学、妇产科学、儿科学、麻醉学。
2、儿科学专业，本科，学制五年，毕业授予医学学士学位。培养目标是：培养适应我国经济社会发展需要，具有崇高思想品德、社会责任感和职业道德，健康身心素质，较强法律意识和创新创业精神；较宽厚的人文社会科学和自然科学知识及扎实的医学基础理论，较强的临床思维和诊治能力，一定的预防康养与健康促进知识，基本的科研素质和创新意识；良好的沟通能力和信息获取、管理、应用能力，能终身自主学习、持续自我完善、具有较大发展潜能和团队协作精神的适应医学进步环境,能在医疗卫生单位从事儿科和儿童保健工作及医学研究的儿科医学专业人才。
本专业开设核心课程包括：系统解剖学、生理学、生物化学、预防医学、诊断学、内科学、外科学、 妇产科学、 儿童保健学、小儿内科学、小儿外科学、小儿传染病学、小儿临床技能学。